近年来，转基因食品的安全性引起很大的争议。2007年，法国科学家证实，世界最大的种子公司美国孟山都公司出产的一种转基因玉米对人体肝脏和肾脏具有毒性。2008年，美国科学家也证实了长时间喂食转基因玉米的小白鼠免疫系统会受到损害，该研究成果发表在同年《农业与食品化学》杂志上。2009年12月22日，法国生物技术委员会最终宣布，转基因玉米“弊大于利”。
    转基因生物对环境和对生物多样性的负面影响也已有多次报道。上世纪末至本世纪初发生了一系列的事件：加拿大转基因油菜多年种植后，因发生基因漂移，产生了能够耐受多种除草剂的超级杂草；墨西哥农民种植的美国转基因玉米，其花粉对当地野生玉米发生了基因污染，产生基因重组，破坏了当地野生玉米的遗传结构；此外，转基因玉米花粉能够让北美的珍稀濒危物种——— 君主蝶大量致死，也是不争的事实。
    我国也曾推广过转基因抗虫棉，在刚开始的几年，对棉铃虫确实有效果。但好景不长，从第四年开始发生逆转，有媒体报道，江苏推广转基因棉第5年，棉铃虫虽然被基本控制，而烟粉虱、红蜘蛛、蚜虫等刺吸式“小害虫”集中大爆发，“小虫成大灾”，用药量反而猛增。